Im Jahre 1848 bemühte sich Preußen unter dem Oberbefehl von Prinz Adalbert um den Aufbau einer eigenen Flotte. Der Plan eines preußischen Nordseehafens kam der oldenburgischen Staatsregierung wegen der angestrebten Verbesserung der wirtschaftlichen und sozialen Verhältnisse im nördlichen Teil des Großherzogtums sehr entgegen. Mit dem Abschluss des Jade-Vertrages am 20. Juli 1853 zwischen dem Königreich Preußen und dem Großherzogtum Oldenburg wurde die Abtretung von 313 ha oldenburgischen Gebietes vereinbart. Auf diesem Areal beabsichtigte Preußen die Errichtung einer Marineanlage.

Doch bereits 1383 errichteten die Seeräuber unter Edo Wiemken im heutigen Stadtteil Siebethsburg eine Burg, die zuerst "Edenburg" und später "Siebetsburg" hieß. Noch heute sind die Grundmauern der Burg und die Burganlage im gleichnamigen Stadtteil vorhanden, die im Jahre 1433 durch die Hanseaten zerstört wurde. Die Straßennamen im Wilhelmshavener Stadtteil "Siebethsburg" zeugen noch immer von der lebhaften Seeräubervergangenheit.

Am 17. Juni 1869 weihte König Wilhelm I. den Hafen ein und gab gleichzeitig der um die Marineanlage herum entstandenen Siedlung seinen Namen. Im Jahre 1873 wurde Wilhelmshaven um 109 ha vergrößert und erhielt am 4. August des gleichen Jahres die Stadtrechte. Auf oldenburgischem Gebiet wuchsen in Wilhelmshavens Nachbarschaft die Gemeinden Bant, Heppens und Neuende, die sich 1911 zur Stadt Rüstringen zusammenschlossen.

Am 1. April 1937 erfolgte die Zusammenlegung der Städte Wilhelmshaven und Rüstringen zur großen Stadt "Wilhelmshaven". Die städtische Verwaltung hatte fortan ihren Sitz in dem 1929 von dem Hamburger Architekten und Klinkerbaumeister Fritz Höger für die Stadt Rüstringen erbauten Rathaus. durch die Eingemeindungen weiterer Bezirke im Norden der Stadt wurde Wilhelmshaven 1938 Großstadt. Während des 2. Weltkrieges wurden aufgrund der zu erwartenden Landangriffe neue Stadtteile räumlich voneinander getrennt angelegt. Wilhelmshaven erlebte mehr als 100 Luftangriffe, die schwere Schäden in der Bausubstanz verursachten und zwei Drittel der Stadt zerstörten.

Nach dem 2. Weltkrieg suchten die Verantwortlichen für Wilhelmshaven eine neue Leitfunktion, die die Jadestadt künftig eigenständig und losgelöst von einseitigen, militärischen Überlegungen entwickeln sollte. So wurde die Wirtschaft und hier besonders die industrielle Entwicklung forciert. 1957 kam es zum Bau des Ölhafens, der zugleich einziger deutscher und größter Tiefwasserhafen Europas nach Rotterdam ist. Weiterhin gelang es, private Industrieunternehmen, die aus Mitteldeutschland und den Ostgebieten verlegt wurden, in Wilhelmshaven anzusiedeln. Größter Arbeitgeber ist mit ca. 11.000 Beschäftigten die Bundeswehr.

Die Nordseestadt Wilhelmshaven ist wirtschaftliches und kulturelles Oberzentrum mit hohem Freizeitwert an der Nordseeküste. Die Zukunftsperspektiven der Stadt liegen vor allem im Hafen- und Wirtschaftsbereich, im Bestand des Marinestandortes, der Entwicklung fortschrittlicher Energietechnologien sowie in der Weiterentwicklung der Stadt als Kultur- und Freizeitzentrum an der Nordsee. Wilhelmshaven ist bereits Standort für meerestechnikorientierte und meereswirtschaftliche Betriebe. Diese Standortchance zu nutzen und weiterzuentwickeln ist erklärtes Ziel der Verantwortlichen.